Nhưng mới đây, Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch Nguyễn Văn Hùng thừa nhận nhiều hạn chế liên quan đến quỹ, trong đó bộ máy vận hành, điều hành chưa ổn, dù đi vào hoạt động năm 2022 theo Quyết định số 49/2018/QĐ-TTg năm 2018 của Thủ tướng Chính phủ, quỹ đã phải thay cả chủ tịch và giám đốc, song vẫn hoạt động chưa hiệu quả, dẫn đến tình trạng "không tiêu được tiền". 

Không giải ngân khoa học, kịp thời, không tiêu được tiền hỗ trợ cũng là một dạng lãng phí nguồn lực của Nhà nước và nhân dân, đặc biệt khi những năm qua, du lịch điêu đứng vì dịch Covid-19. Sự không hiệu quả của Quỹ hỗ trợ phát triển du lịch còn ảnh hưởng tiêu cực tới sự phục hồi và phát triển của toàn ngành, làm giảm niềm tin vào chính sách của Đảng và Nhà nước. Đơn cử như việc thiếu vắng gian hàng chung của ngành du lịch Việt Nam tại hai hội chợ du lịch hàng đầu thế giới gần đây là WTM London (Anh, tháng 11-2023) và ITB Berlin (Đức, tháng 3-2024). Việc không tổ chức được gian hàng chung này xuất phát từ nhiều nguyên nhân, nhưng nhiệm vụ đặt ra của quỹ là xúc tiến, quảng bá và hỗ trợ phát triển du lịch thì rõ ràng đã không hoàn thành. Nhất là khi trước đó, gian hàng chung của Việt Nam tại hai hội chợ lớn này là niềm tự hào của du lịch nước nhà, tạo thiện cảm và để lại nhiều ấn tượng tốt với du khách quốc tế, góp phần không nhỏ trong việc thu hút bạn bè thế giới đến Việt Nam.